Akupunktur und das Meridiansystem blicken auf eine über 2.500 Jahre alte Geschichte zurück. Akupunktur zählt neben der Moxibustion, einer Wärmetherapie, die ebenfalls das Qi beeinflusst, zu den ältesten Praktiken der Traditionellen Chinesischen Medizin (TCM).
Obwohl der Ursprung der Akupunktur in China nicht eindeutig geklärt ist, ist ihre Anwendung gut dokumentiert. Der älteste antike Text, der Akupunktur erwähnt, stammt aus dem Jahr 100 v. Chr., während andere Texte aus der Zeit von 600–500 v. Chr. Akupunkturpunkte ohne Beschreibung der Behandlungsmethoden erwähnen. Archäologen haben in alten Gräbern Artefakte aus goldenen und silbernen Akupunkturnadeln gefunden. Diese Nadeln und die Texte stellen die ersten Belege für die damalige Praxis dar.
Die Datierung der Akupunktur ist jedoch umstritten. In den Ötzaler Alpen wurde eine uralte Mumie namens Ötzi, der Mann aus dem Eis, gefunden. Sie stammt aus der Bronzezeit, etwa 3300 v. Chr. Die Mumie weist Tätowierungen am ganzen Körper auf, die Meridianpunkten im unteren Rückenbereich entsprechen. Einige Archäologen vermuten darin Hinweise auf Akupunkturpraktiken. Ohne weitere Dokumente lässt sich dies jedoch nicht mit Sicherheit sagen.
Es gibt sogar Theorien, die Shiatsu, eine nicht-invasive Form der Akupunktur, auf die Jungsteinzeit zurückführen. Auch hierzu können wir ohne weitere schriftliche Belege nur spekulieren. Dennoch waren im 4. Jahrhundert n. Chr. die meisten modernen Akupunkturpunkte bereits identifiziert und dokumentiert. Die herrschende Klasse des mittelalterlichen Chinas nutzte Akupunktur. Kaiser vieler Dynastien hielten sogar Akupunkteure in ihren Häusern. An mittelalterlichen chinesischen medizinischen Schulen wurden Akupunktur und das Meridiansystem gelehrt und Kurse dazu angeboten. Während der Ming-Dynastie etablierte das „Große Kompendium der Akupunktur und Moxibustion“ die meisten der heute noch angewandten Akupunkturpraktiken.
Um das 13. Jahrhundert begann die Akupunktur jedoch an Bedeutung zu verlieren. Sie wurde mit Mystik in Verbindung gebracht und als weniger legitime Praxis angesehen. In der modernen wissenschaftlichen Medizin galt die chinesische Akupunktur als verlorene Kunst. Etwa zur gleichen Zeit hielt die Akupunktur auch in Europa Einzug. Die westliche Medizin betrachtete sie jedoch mit großem Misstrauen. Die Fokussierung auf Energie- und Symbolsysteme wurde als zu abergläubisch angesehen. Mitte des 19. Jahrhunderts hatte das westliche Interesse an der Akupunktur deutlich nachgelassen.
Erst Mitte des 20. Jahrhunderts erlebte die Akupunktur eine Renaissance. Mao Zedong unterstützte die Akupunktur, die aufgrund der gemeinsamen Kulturgeschichte das kommunistische China einte. In den 1950er Jahren wurde Akupunktur in chinesischen Krankenhäusern angewendet. Auch die moderne Forschung untersucht die Akupunktur zunehmend aus einer rationalen, wissenschaftlichen Perspektive. 1997 empfahlen die National Institutes of Health (NIH) Akupunktur als komplementäre Therapie. Seitdem hat sich Akupunktur in den Vereinigten Staaten zur beliebtesten alternativen Heilmethode entwickelt.