L'acupuncture et le système des méridiens ont une longue histoire, remontant à plus de 2 500 ans. L'acupuncture est l'une des plus anciennes pratiques de la médecine traditionnelle chinoise, avec la moxibustion, une thérapie par la chaleur qui agit également sur le Qi.
Bien que l'origine chinoise de l'acupuncture soit incertaine, sa pratique est bien documentée. Le plus ancien texte ancien mentionnant l'acupuncture date de 100 av. J.-C., tandis que d'autres textes, datant de 600 à 500 av. J.-C., font référence à des points d'acupuncture sans décrire les procédures. Des archéologues ont découvert des aiguilles d'acupuncture en or et en argent dans des tombes antiques. Ces aiguilles et ces textes constituent les premiers témoignages de cette pratique à cette époque.
Cependant, la datation de l'acupuncture fait l'objet de controverses. Une momie ancienne, surnommée Ötzi l'Homme des glaces, a été découverte dans les Alpes de l'Ötztal ; elle daterait de l'âge du bronze, vers 3300 av. J.-C. Cette momie présente des tatouages sur tout le corps, correspondant à des points d'acupuncture situés dans le bas du dos. Certains archéologues y voient une preuve de la pratique de l'acupuncture. Cependant, en l'absence de documents supplémentaires, il est impossible d'en être certain.
D'autres théories suggèrent même que le shiatsu, une forme non invasive d'acupuncture, remonterait au Néolithique. Mais faute de textes plus anciens, nous ne pouvons qu'émettre des hypothèses. Néanmoins, dès le IVe siècle de notre ère, la plupart des points d'acupuncture modernes étaient identifiés et documentés. L'élite dirigeante de la société chinoise médiévale avait recours à l'acupuncture. Les empereurs de nombreuses dynasties employaient même des acupuncteurs à leur service. Les écoles de médecine chinoises médiévales dispensaient un enseignement complet en acupuncture et sur le système des méridiens. Sous la dynastie Ming, le « Grand Compendium d'acupuncture et de moxibustion » a établi la plupart des pratiques d'acupuncture encore utilisées aujourd'hui.
Vers le XIIIe siècle, l'acupuncture commença cependant à décliner. Elle fut associée au mysticisme et considérée comme une pratique moins légitime. Pour la médecine scientifique moderne, l'acupuncture chinoise était considérée comme un art perdu. À cette époque, elle commença à être utilisée en Europe. Cependant, la médecine occidentale la considérait avec une grande méfiance, jugeant son approche énergétique et symbolique trop superstitieuse. Au milieu du XIXe siècle, l'intérêt occidental pour l'acupuncture avait considérablement diminué.
Ce n'est qu'au milieu du XXe siècle que l'acupuncture fit son retour. Mao Zedong la soutint, ce qui contribua à l'unité de la Chine communiste grâce à son histoire culturelle commune. Dès les années 1950, les hôpitaux chinois pratiquaient l'acupuncture. La recherche moderne a également commencé à l'examiner d'un point de vue rationnel et scientifique. En 1997, les National Institutes of Health recommandèrent l'acupuncture comme thérapie complémentaire. Depuis, elle est devenue la médecine alternative la plus populaire aux États-Unis.